کتاب‌های تالیفی
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "الأدب الفارسی." شهر کویت: عطر المعرفه، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "موسیقی شعر." تهران: آگاه، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "شاعر آینه ها." تهران: آگاه، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "موسیقی شعر." تهران: آگاه، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مفلس کیمیا فروش." تهران: سخن، 1372.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تازیانه های سلوک." تهران: آگاه، 1372.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "زبور پارسی." تهران: آگاه، 1378.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "زبور پارسی." تهران: آگاه، 1378.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "شعر معاصر عرب." تهران: سخن، 1380.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تازیانه های سلوک." تهران: آگاه، 1381.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "حالات و سخنان ابوسعید ابوالخیر." تهران: سخن، 1384.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "چشیدن طعم وقت از میراث عرفانی ابوسعید ابو الخیر." : سخن، 1385.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "شاعری در هجوم منتقدان." تهران: آگاه، 1385.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "این کیمیای هستی." تهران: سخن، 1385.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "قلندریه در تاریخ." : سخن، 1386.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ادبیات فارسی از عصر جامی تا روزگار ما." تهران: نی، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "با چراغ و آینه." تهران: سخن، 1390.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "رستاخیز کلمات." تهران: سخن، 1391.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "زبان شعر در نثر صوفیه." تهران: سخن، 1392.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "درویش ستیهنده." تهران: سخن، 1393.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در هرگز و همیشه انسان." تهران: سخن، 1394.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "این کیمیای هستی؛ درس گفتارهای دانشگاه تهران." تهران: سخن، 1396.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "این کیمیای هستی؛ یادداشت ها و نکته ها." تهران: سخن، 1396.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "این کیمیای هستی؛ جمال شناسی و جهان شعری." تهران: سخن، 1396.
کتاب‌های ترجمه شده
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "رسوم دارالخلافه." تهران: بنیاد فرهنگ ایران، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "رسوم دارالخلافه." تهران: بنیاد فرهنگ ایران، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "رسوم دارالخلافه." تهران: بنیاد فرهنگ ایران، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تصوف اسلامی و رابطۀ انسان و خدا." تهران: سخن، 1374.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "آفرینش و تاریخ." تهران: آگاه، 1374.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تاریخ نیشابور." تهران: آگاه، 1375.
کتاب های غیر از تالیف و ترجمه
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "Shafii Kadkani Neishabour Poems." آرکیپا: ، 1395.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "اسرار التوحید فی مقامات شیخ ابوسعید." تهران: آگاه، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "صور خیال در شعر فارسی." تهران: آگاه، 1370.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در اقلیم روشنایی." تهران: سخن، 1373.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "آیینه ای برای صداها." تهران: سخن، 1376.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "هزارۀ دوّم آهوی کوهی." تهران: سخن، 1376.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "گزینه اشعار." تهران: مروارید، 1377.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ادوار شعر فارسی." تهران: سخن، 1380.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مرموزات اسدی." تهران: سخن، 1381.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مختارنامه." تهران: سخن، 1386.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "غزلیات شمس تبریز 2 جلد." تهران: سخن، 1387.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "اسرار نامه عطار نیشابوری." تهران: سخن، 1387.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در آیینۀ رود." : سخن، 1387.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "زمزمه ها." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "از زبان برگ." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ستاره دنباله دار." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در ستایش کبوترها." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در کوچه باغ های نیشابور." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "شبخوانی." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "بوی جوی مولیان." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در عشق زنده بودن؛ گزیدۀ غزلیات شمس." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "علی نامه." تهران: میراث مکتوب، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "غزل برای گل آفتابگردان." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مرثیه های سرو کاشمر." تهران: سخن، 1388.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مثل درخت در شب باران." تهران: سخن، 1389.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "دیوان قائمیات." تهران: میراث مکتوب، 1390.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "حالات و مقامات م. امید." تهران: سخن، 1390.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مقامات ابوعلی قومسانی." تبریز: ستوده، 1393.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تذکره الاولیاء." تهران: سخن، 1397.
مقالات چاپ شده در نشریات بین‌المللی
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "شطح و عرفان در شطح های بایزید." Academic Journal Of History and Idea 3، 3 (1370): 6-8.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "انواع ادبی و شعر فارسی." دانشکده ادبیات و علوم دانشگاه شیراز 10، 10 (1370): 97-119.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "علم شاعری و القاب." ایران شناسی 2 2، 2 (1370): 278-285.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مقدمه ای کوتاه بر مسائل طویل بلاغت." خرد و کوشش 8، 8 (1370): 47-77.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "یک ساختار دیگر مبالغه در زبان فارسی کهن." جشن نامه دکتر حسن انوری سخن عشق، جشن نامه دکتر حسن انوری (1395): 317- 327.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "فخرالدین مطرزی و کمال الدین اصفهانی." فرهنگ ایران زمین 19، 19 (1395): 1-9.
مقالات چاپ شده در نشریات داخلی
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "تشابه الاخیله بین الشعر الفارسی و العربی." معارف اسلامی و حقوق 14، 14 (1359): 96-119.
- محمدرضا شفیعی کدکنی و احمد خلیقی. "اثر تیمارهای شیمیائی حرارتی و مرحله برداشت در طول عمر و گل میخک." مجله علوم کشاورزی ایران 31، 1 (1111): 119-125.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ادیب نیشابوری در حاشیه شعر مشروطیت." جستارهای ادبی (نوین) 2، 2 (1370): 169-186.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "سیمرغ." نشریه فردوسی ( ویژه نامه کنگره هزارمین سال شاهنامه فردوسی ) 1، 1 (1370): 165-170.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در بازخوانی سنت ها." فصلنامه نقد کتاب ادبیات 1، 1 (1370): 25-31.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "روابط شیخ جام با کرامیان عصر خویش." مجله زبان و ادبیات فارسی (دانشگاه خوارزمی) 6، 6 (1373): 29-50.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "قرن مولوی." بخارا 1، 1 (1377): 249-252.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "نکته های نویافته در مورد خاقانی." مطالعات باستان شناسی 10، 10 (1379): 1-6.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "از مسائل کتاب پردازی در قرن هشتم." نامه بهارستان 3، 1 (1380): 5-8.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مقامات کهن و نویافتۀ ابوسعید ابوالخیر." نامه بهارستان پاییز و زمستان 80، 4 (1380): 65-78.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "نگاهی به طرازالاخبار." نامه بهارستان سال سوم، شمارۀ اول، دفتر5 (1381): 109-122.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "روانشناسی اجتماعی شعر فارسی." بخارا 32، 32 (1382): 42-66.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "اختلاف در نسخه های حافظ." ماهنامه حافظ 4، 4 (1383): 22- 25.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مشکل هجویری در طبقه بندی طبقات صوفیه." مطالعات عرفانی 1، 1 (1384): 9-19.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "سخنان نویافته دیگر از محمد بن کرام." مطالعات عرفانی 5، 3 (1385): -.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ابو العباس زوزنی." مطالعات عرفانی -، 5 (1385): 5-18.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "یاد و سیرۀ استاد ما ادیب." بخارا 34، 34 (1385): 31-63.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "فروزانفر و شعر." بخارا 1، 1 (1386): 275-289.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ویژگی های عروضی دیوان سلطان ولد." مجله زبان و ادبیات فارسی (دانشگاه خوارزمی) پاییز 87، 62 (1387): 7-16.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "یک متن کرامی کمرنگ شده." نامه بهارستان 13، 13 (1387): 177-188.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مفاهیم ساخت و صورت در نقد قرن بیستم." بخارا 8، 9 (1387): 161-176.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "پیر هری." نامه بهارستان سال دهم، دفتر 15 (1388): 185-192.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ساختار ساختارها." مطالعات باستان شناسی سال 17، 65 (1388): 7-14.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "کهن ترین نمونه های شعر فارسی." زبان و ادبیات فارسی دانشگاه تربیت معلم 62، 62 (1388): 28-32.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "راه های انتشار یک شعر در قدیم." بخارا 7، 7 (1388): 36-61.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "نقش تاریخی و خلاقیت فردی." بخارا سال 13، 76 (1389): 35-45.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "حماسه ای شیعی از قرن پنجم." آینه میراث دوره جدید، سال هشتم، 20 (1389): 93-176.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ظرفیت و ظرافت یک انسان." ماهنامه گزارش میراث،تخصصی اطلاع رسانی در حوزه تصحیح انتقادی متون نسخه شناسی و مباحث ایراانشناسی دورۀ دوم، سال پنجم، فروردین و اردیبهشت 90، 44 (1390): 113-117.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "مکاتبات خواجه نصیرالدین طوسی و صدرالدین قونوی." ماهنامه گزارش میراث،تخصصی اطلاع رسانی در حوزه تصحیح انتقادی متون نسخه شناسی و مباحث ایراانشناسی دورۀ دوم، سال پنجم، خرداد و تیر 90، 45 (1390): 10-12.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "چند نکته دربارۀ شعر حافظ." بخارا 13، 13 (1395): 5-10.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "در سلسله شد دجله." بخارا 14، 14 (1395): 6-10.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "حمد یا حمَدالله مستوفی." بخارا 15، 15 (1395): 6-9.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "کتابی از خراسان قرن پنجم." پژوهش های نسخه شناسی و تصحیح متون اول، یک (1395): 161-178.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ساختار ساختارها در چشم اندازی دیگر." بخارا 10، 117 (1396): 10-14.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "برگی از تاریخ موسیقی ایران زمین." بخارا 20، 118 (1396): 9-20.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "یکی از مآخذ تمثیلات مثنوی." بخارا 20، 119 (1396): 15-20.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "ابن سینا و ماهیت عشق." بخارا 20، 120 (1396): 13-28.
- محمدرضا شفیعی کدکنی. "عیّاری و شاطری در سندی بسیار کهن." جستارهای ادبی (نوین) اول، 200 (1397): 2-16.